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潘 楚预答辩公告
浏览次数:日期:2019-05-07编辑:研究生教务办1

预答辩公告

论文题目

miRNA介导的调控网络在癌症中的构建与分析方法研究

答辩人

指导教师

骆嘉伟  教授

答辩委员会

主席

王树林  教授

学科专业

计算机科学与技术

学院

信息科学与工程学院

答辩地点

软件大楼318

答辩时间

201957

2:30

学位论文简介

miRNA介导的调控网络在癌症中的构建和分析有助于破译癌症中的异常调控机制。本文从miRNA单向调控网络开始,到miRNA-TF共调控网络,再到lncRNA-miRNA-mRNA竞争三元组调控网络,按照网络结构从简单到复杂的程度,逐步对不同类型网络进行构建和分析。针对癌症特异性,主要以功能模块、共调控子网络及竞争三元组为代表的调控网络子结构进行了相应的研究本文主要研究工作如下:

1)基于共表达基因更可能具有共同调控机制和功能相关的假设,设计了一种基于miRNA共表达相关性的调控模块识别算法CoModule

2)针对现有模块识别算法无法生成具有预后特征意义的miRNA模块的问题,提出一种基于先验临床信息的miRNA预后模块识别算法ProModule

3)为了探讨TFmiRNA靶向共同基因的协同调控机制,首先利用表达谱和已知绑定位点信息重构癌症特异性miRNA-TF共调控网络,并在此基础上,提出了一基于二分图的子网络划分算法BiModule来进行共调控子图的挖掘。

4)针对目前识别lncRNA-miRNA-mRNA不够准确的问题,提出一种基于统计学方法的lncRNA-miRNA-mRNA竞争三元组识别算法lncTriplet

主要学术成果

[1] Chu Pan, Jiawei Luo, Jiao Zhang. Computational identification of RNA-Seq based miRNA-mediated prognostic modules in cancer. IEEE Journal of BioMedical and Health Informatics. 2019, doi:10.1109/JBHI.2019.2911528.SCI 2区,CCF C类,第一作者)

[2] Chu Pan, Jiawei Luo, Jiao Zhang, Xin Li. BiModule: biclique modularity strategy for identifying transcription factor and microRNA co-regulatory modules. IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics. 2019, doi: 10.1109/TCBB.2019.2896155.SCI 3区,CCF B类,第一作者)

[3] Jiawei Luo, Chu Pan, Gen Xiang, Ying Yin. A novel cluster-based computational method to identify miRNA regulatory modules. IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics. 2019, 16(2): 681-687. SCI 3区,CCF B类,导师第一作者)