答辩公告
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丁平尖预答辩公告
浏览次数:日期:2019-02-25编辑:研究生教务办1

论文题目:MicroRNA的功能相似性及其与疾病关联关系计算方法研究

答辩人:丁平尖

指导教师:骆嘉伟教授

答辩委员会主席:王树林教授

学科专业:计算机科学与技术

学院:信息科学与工程学院

答辩地点:软件大楼523

答辩时间:2019225 下午2:30

学位论文简介:

在完成人类基因组计划后,人们发现非编码蛋白质编码区远远大于蛋白质编码区,而人体内大量的非编码RNA的源泉就是这些非编码序列,它们在人体中扮演着调控者的角色,与细胞分化、凋亡以及癌变等方面有着重要关系。对miRNA生物学功能及其机制的研究将影响或辐射到遗传学、生理学、免疫学、细胞生物学等多个基础研究领域,成为这些学科新的增长点,推动整个生命科学的发展。随着生物数据的积累和数据挖掘的发展,为计算方法研究miRNA功能及其与疾病的关联关系提供了新的契机。本文从融合多类型生物数据出发,主要研究工作如下:

1)针对现有miRNA功能相似性度量方法无法考虑疾病语义相似性网络的拓扑结构的问题,本文提出一种利用已知miRNA-疾病链接的基于路径的miRNA功能相似性度量方法,MFSP。

2)针对现有的基于成对的miRNA功能相似性度量方法受疾病语义相似性计算结果影响的问题,本文设计了一种利用已知miRNA-疾病关系的基于成组的miRNA功能相似性度量方法,GMFS。

3)针对稀疏的已知miRNA-疾病关联关系,现有的疾病相关miRNA预测算法难以获得优异的预测结果,因此,本文提出一种基于直推式学习的疾病相关miRNAs协作预测方法,CPTL。

4)现有的疾病相关miRNAs计算方法难以处理没有已知相关miRNAs的疾病或无法同时预测所有疾病相关的miRNAs,因此,本文提出一种基于图正则化框架的疾病相关miRNAs半监督预测方法,MDAGRF。

5)针对现有方法无法同时考虑靶基因信息和已知的miRNA-疾病链接来预测疾病相关的miRNAs,本文提出一种结合靶基因信息的基于异质流形的疾病相关miRNAs预测方法,DMHM。

主要学术成果:

[1]  Pingjian Ding, Jiawei Luo, Qiu Xiao, Xiangtao Chen. A path-based measurement for human miRNA functional similarities using miRNA-disease associations Scientific reports. 2016, 6: 32533. (IF=4.259, SCI 3)

[2]  Pingjian Ding, Jiawei Luo, Cheng Liang, Jie Cai, Ying Liu, Xiangtao Chen. A novel group wise-based method for calculating human miRNA functional similarity. IEEE Access. 2017, 5: 2364-2372. (IF=3.557, SCI 2)

[3]  Jiawei Luo, Pingjian Ding, Cheng Liang, Buwen Cao, Xiangtao Chen. Collective prediction of disease-associated miRNAs based on transduction learning. IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics. 2017, 14(6): 1468-1475. (IF=2.428, SCI 3)

[4] Jiawei Luo, Pingjian Ding, Cheng Liang, Xiangtao Chen. Semi-supervised Prediction of Human miRNA-Disease Association based on Graph Regularization Framework in Heterogeneous Networks. Neurocomputing. 2018, 294(14): 29-38. (IF=3.241, SCI 2)

[5]  Pingjian Ding, Jiawei Luo, Cheng Liang, Qiu Xiao and Buwen Cao. Human Disease MiRNA Inference by Combining Target Information Based on Heterogeneous Manifolds. Journal of Biomedical Informatics. 2018, 80(4): 26-36. (IF=2.882, SCI 3)

[6]  Pingjian Ding, Jiawei Luo, Cheng Liang, Cheng Liang, Qiu Xiao, Buwen Cao, Guanghui Li. Discovering Synergistic Drug Combination from a Computational Perspective. Current Topics in Medicinal Chemistry (IF=3.374, SCI 3).

[7]  Pingjian Ding, Rui Yin, Jiawei Luo and Chee-Keong Kwoh. Ensemble Prediction of Synergistic Drug Combinations Incorporating Biological, Chemical, Pharmacological and Network Knowledge. IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics (IF=3.85, SCI 2).